Η προέλευση του ζεϊμπέκικου έχει γίνει αφορμή για έντονη αντιπαράθεση μεταξύ Ελλάδας και Τουρκίας. Οι Τούρκοι ισχυρίζονται ότι το παραδοσιακό αυτό χορευτικό τους ανήκει, αναφέροντας ιστορικές και πολιτιστικές συνδέσεις που το θεμελιώνουν στην τουρκική παράδοση.
Από την άλλη πλευρά, οι Έλληνες υποστηρίζουν ότι το ζεϊμπέκικο είναι αναπόσπαστο κομμάτι της ελληνικής πολιτιστικής κληρονομιάς. Η διαμάχη αυτή εντείνει τις ήδη τεταμένες σχέσεις μεταξύ των δύο χωρών, αναδεικνύοντας τις πολιτιστικές και εθνοτικές διαφορές που υπάρχουν στην περιοχή.
