Η λειτουργία των πρώτων μη κρατικών πανεπιστημίων έχει προκαλέσει έντονες πολιτικές αντιπαραθέσεις, με την αντιπολίτευση να εκφράζει ανησυχίες για τη νομιμότητα και την ηθική των διορισμών. Το ΠΑΣΟΚ καταγγέλλει την πρυτανοποίηση πρώην στελεχών του υπουργείου Παιδείας, υποστηρίζοντας ότι αυτό δημιουργεί αμφιβολίες σχετικά με τη διαφάνεια της διαδικασίας.
Ο πρωθυπουργός χαρακτήρισε τη λειτουργία των εν λόγω ιδρυμάτων ως πανηγυρική δικαίωση για την εκπαιδευτική μεταρρύθμιση. Ο πρύτανης ενός από τα νέα πανεπιστήμια, Οδυσσέας Ζώρας, αντέτεινε ότι δεν υπάρχει τίποτα παράνομο ή ανήθικο στις αποφάσεις που ελήφθησαν, προβάλλοντας την ανάγκη για εκσυγχρονισμό της ανώτατης εκπαίδευσης.
