Ανησυχία έχει προκληθεί σχετικά με την κατάσταση της λίμνης της Αγυιάς, καθώς οι φορείς διαχείρισης των υδάτων στα Χανιά αναζητούν λύσεις για την αποκατάσταση της στάθμης της. Σε πρόσφατη σύσκεψη, οι συμμετέχοντες, μεταξύ των οποίων ο αντιπεριφερειάρχης Χανίων, διαπίστωσαν δραματική μείωση του υδροφορέα, γεγονός που επηρεάζει τον τοπικό υδροβιότοπο.
Η απομάκρυνση των φερτών υλικών από τη λίμνη φαίνεται να είναι η πρώτη προτεραιότητα, προκειμένου να βελτιωθούν οι συνθήκες και να αποκατασταθεί η οικολογική ισορροπία. Η συνεργασία των εμπλεκομένων φορέων είναι κρίσιμη για την αντιμετώπιση αυτής της περιβαλλοντικής πρόκλησης.