Ένοχος κρίθηκε και σε δεύτερο βαθμό από το Τριμελές Εφετείο Πλημμελημάτων, ο ιδρυτής της Κιβωτού του Κόσμου, πατέρας Αντώνιος, για 9 επιμέρους πράξεις που αφορούν σε ξυλοδαρμό, τιμωρίες και καταναγκαστική εργασία σε βάρος ανηλίκων παιδιών που διέμεναν σε δομές του Βόλου, της Αθήνας και της Καλαμάτας.
Ο πατέρας Αντώνιος δεν κάθισε ούτε σήμερα στο εδώλιο του κατηγορουμένου για να ακούσει την καταδικαστική απόφαση της δικαιοσύνης, καθώς έχει από καιρό αποχωρήσει από τη δίκη, διαμαρτυρόμενος για μεροληπτική στάση του δικαστηρίου εναντίον του. Σύμφωνα με την απόφαση του δικαστηρίου ο πρώην επικεφαλής της ΜΚΟ, Κιβωτός του Κόσμου, καταδικάστηκε ομόφωνα για βαριά σωματική βλάβη σε βάρος ανηλίκων σε δομή του Βόλου, για ηθική αυτουργία σε επικίνδυνη σωματική βλάβη εναντίον ανηλίκων σε δομή του Βόλου και για απλή σωματική βλάβη σε βάρος καταγγελλόντων για καταναγκαστική, εξαντλητική εργασία, και απομόνωση ανήλικων παιδιών, όσο αυτά διέμεναν σε δομές του Κολωνού, της Καλαμάτας και του Βόλου.
Οι δικαστές του Τριμελούς Εφετείου Πλημμελημάτων, υιοθετώντας την εισαγγελική πρόταση της Παναγιώτας Συμιγιάννη, έκριναν ότι οι καταγγελίες σε βάρος του «νούμερο 1» της Κιβωτού και των πρώην εργαζομένων σε δομές, είναι αληθείς και βασίζονται σε πραγματικά περιστατικά, σκιαγραφώντας παραβατικές συμπεριφορές των στελεχών της ΜΚΟ σε βάρος ανηλίκων φιλοξενούμενων. Μάλιστα, το δευτεροβάθμιο δικαστήριο υπήρξε αυστηρότερο σε σχέση με το πρωτόδικο, αφού έκρινε ένοχο τον πρώην επικεφαλής της Κιβωτού για περισσότερες πράξεις από ό,τι είχε καταδικαστεί σε πρώτο βαθμό.
Κατά την προχθεσινή της αγόρευση, η εισαγγελική λειτουργός είχε χαρακτηρίσει τον πρώην επικεφαλής της Κιβωτού «απόλυτο κυρίαρχο» στον Οργανισμό, στις εντολές και οδηγίες του οποίου, υπάκουαν πιστά δυο συγκατηγορούμενοί του, οι οποίοι χαρακτηρίστηκαν από την εισαγγελέα ως «δεξί χέρι» του πατρός Αντωνίου Παπανικολάου, για τους οποίους επίσης ζήτησε την ενοχή για σειρά πράξεων βαριάς, επικίνδυνης και απλής σωματικής βλάβης για ξυλοδαρμό ανηλίκων φιλοξενούμενων σε δομές.
«Λειτουργούσαν σα δεξί του χέρι του πρώτου κατηγορούμενου (πατρός Αντώνιου), εκτελούσαν τις εντολές του. Είχαν απόλυτη πίστη και αφοσίωση στις εντολές του. Ο πρώτος κατηγορούμενος είχε κυρίαρχο ρόλο στην Κιβωτό και οι άλλοι δύο κατηγορούμενοι ήταν απόλυτα αφοσιωμένοι σε αυτόν» επεσήμανε μεταξύ άλλων η εισαγγελέας της έδρας.
Ακόμη τέσσερις κατηγορούμενοι καταδικάστηκαν για πράξεις βαριάς σωματικής βλάβης, επικίνδυνης σωματικής βλάβης, απειλής και έκθεσης κατά περίπτωση. Πρόκειται για τα δύο άλλοτε «πρωτοπαλίκαρα» του πατρός Αντωνίου, την πρώην διευθύντρια της δομής Βόλου και ακόμη έναν πρώην υπεύθυνο στο ΔΣ της Κιβωτού. Δύο κατηγορούμενοι απηλλάγησαν από όλες τις κατηγορίες, όπως και πρωτοδίκως.
Σε πρώτο βαθμό, ο πατέρας Αντώνιος είχε καταδικαστεί σε 51 μήνες φυλάκιση για πέντε πράξεις σωματικών βλαβών σε βάρος φιλοξενούμενων στην Κιβωτό. Η ποινή μετατράπηκε από το δικαστήριο σε χρηματική και δόθηκε αναστολή στην έφεση. Ακόμη τέσσερις πρώην εργαζόμενοι της Κιβωτού καταδικάστηκαν πρωτοδίκως από 17 έως 40 μήνες φυλάκιση με αναστολή.
