Το ολοκαύτωμα της Μονής Αρκαδίου αποτελεί κορυφαία πράξη του απελευθερωτικού αγώνα των Κρητών, και σύμβολο ηρωισμού και θυσίας. Είναι το σημαντικότερο επεισόδιο της Κρητικής Επανάστασης του 1866.

Η κακοδιοίκηση και η καταπίεση της τουρκικής διοίκησης ανάγκασε την Παγκρήτια Συνέλευση που συνήλθε στα Χανιά να αποστείλει στις 14 Μαΐου 1866 αναφορά στον Σουλτάνο με μια σειρά αιτημάτων. Συγκεκριμένα, ζητούσε: βελτίωση του φορολογικού συστήματος, σεβασμό της χριστιανικής θρησκείας, αναγνώριση του πληθυσμού να εκλέγει ελεύθερα τους δημογέροντές του και τη λήψη μέτρων για την οικονομική ανάπτυξη του νησιού.

Παράλληλα, απέστειλε μυστικό υπόμνημα προς τους μονάρχες της Αγγλίας, της Γαλλίας και της Ρωσίας, με το οποίο τους καλούσε να ενεργήσουν για την ένωση της Κρήτης με την Ελλάδα ή να μεσολαβήσουν στη χορήγηση από τον Σουλτάνο «Οργανικού Νόμου». Στη συγκέντρωση αυτή συμμετείχε και ο Γαβριήλ Μαρινάκης, ηγούμενος της Μονής Αρκαδίου, που ήταν το επαναστατικό κέντρο της περιοχής Ρεθύμνης.

Οι Μεγάλες Δυνάμεις αδιαφόρησαν, ενώ η ελληνική κυβέρνηση δήλωνε ουδετερότητα και δεν πήρε ανοιχτά το μέρος των επαναστατών. Μόνο η Ρωσία κινήθηκε δραστήρια, χάρη στους υποπροξένους της στο νησί Ιωάννη Μιτσοτάκη και Σπυρίδωνα Δενδρινό.

Μη αναμένοντας βοήθεια από πουθενά, οι Κρητικοί αποφάσισαν να ξεσηκωθούν μόνοι τους και ύψωσαν τη σημαία της Επανάστασης στις 21 Αυγούστου 1866, με το σύνθημα «Ένωσις ή Θάνατος» και αρχηγούς τον Ιωάννη Ζυμβρακάκη στα Χανιά, τον Ελλαδίτη συνταγματάρχη Πάνο Κορωναίο στο Ρέθυμνο και τον Μιχαήλ Κόρακα στο Ηράκλειο. Στην Ελλάδα συγκροτήθηκαν εθελοντικές ομάδες, που βοήθησαν τους Κρητικούς, με χρήματα, τρόφιμα και άλλα εφόδια.

Ο Σουλτάνος θορυβήθηκε από την εξέγερση και έστειλε στις 30 Αυγούστου 1866 τον Μουσταφά Ναϊλή Πασά, με εντολή να την καταστείλει, αφού προηγουμένως είχε απορρίψει τα αιτήματα των Κρητικών. Ο Πασάς έφερε το προσωνύμιο Γκιριτλί (Κρητικός), επειδή είχε συντελέσει στην κατάπνιξη της επανάστασης του 1821 στην Κρήτη. Πρώτα προσπάθησε να καλοπιάσει τους επαναστάτες και να τους πείσει να επιστρέψουν στις δουλειές τους. Όταν αυτοί αρνήθηκαν, αποφάσισε να θέσει σε εφαρμογή το στρατιωτικό του σχέδιο για την κατάπνιξη της επανάστασης.

Τον Σεπτέμβριο και Οκτώβριο προέβη σε εκκαθαριστικές επιχειρήσεις στην περιοχή των Χανίων και στη συνέχεια στράφηκε προς το Ρέθυμνο και τη Μονή Αρκαδίου, όπου ήταν η έδρα της τοπικής επαναστατικής επιτροπής, αποθήκη πολεμοφοδίων και τροφίμων, καθώς και καταφύγιο πολλών χριστιανών. Ο Μουσταφά Πασάς έφθασε έξω από το μοναστήρι το απόγευμα της 6ης Νοεμβρίου 1866.

Στη διάθεσή του είχε 15.000 άνδρες (Τούρκους, Αλβανούς, Αιγυπτίους και Τουρκοκρητικούς) και ισχυρό πυροβολικό. Στη Μονή βρίσκονταν 966 άνθρωποι, από τους οποίους μόνο 250 μπορούσαν να πολεμήσουν. Επικεφαλής των αγωνιστών του Αρκαδίου ήταν ο Πελοποννήσιος ανθυπολοχαγός Ιωάννης Δημακόπουλος και ο ηγούμενος Γαβριήλ.

Οι προτάσεις προς παράδοση απορρίφθηκαν από τους πολιορκημένους και το πρωί της 8ης Νοεμβρίου άρχισαν οι εχθροπραξίες. Οι Οθωμανοί, παρά τις λυσσαλέες επιθέσεις τους, δεν κατάφεραν να καταλάβουν τη Μονή την πρώτη μέρα. Το βράδυ ζήτησαν ενισχύσεις και μετέφεραν ένα μεγάλο πυροβόλο από το Ρέθυμνο. Την επομένη, 9 Νοεμβρίου, άρχισε το δεύτερο κύμα της επίθεσης. Νωρίς το απόγευμα γκρεμίστηκε το δυτικό τείχος της Μονής από τις βολές του πυροβόλου και οι επιτιθέμενοι εισέβαλαν στο μοναστήρι, αρχίζοντας τη μεγάλη σφαγή.

Στην μπαρουταποθήκη της μονής γράφτηκε η τελευταία πράξη του δράματος και μία ακόμα ένδοξη σελίδα της ελληνικής ιστορίας. Ο Κωστής Γιαμπουδάκης ή κατ’ άλλους ο Εμμανουήλ Σκουλάς την ανατίναξε, σκορπίζοντας τον θάνατο, όχι μόνο στους χριστιανούς, αλλά και στους εισβολείς. Αμέσως μετά, οι Τουρκοκρητικοί και οι Αλβανοί όρμησαν και κατέσφαξαν όσους είχαν διασωθεί, ενώ έκαψαν τον ναό και λεηλάτησαν τα ιερά κειμήλια.

Από τους Έλληνες που βρίσκονταν στη Μονή, μόνο 3 ή 4 κατόρθωσαν να διαφύγουν, ενώ περίπου 100 πιάστηκαν αιχμάλωτοι. Μεταξύ αυτών και ο Δημακόπουλος, που εκτελέστηκε λίγο αργότερα. Ο ηγούμενος της Μονής Αρκαδίου Γαβριήλ Μαρινάκης είχε σκοτωθεί πριν από την ανατίναξη της μπαρουταποθήκης. Οι νεκροί και τραυματίες του Μουσταφά ανήλθαν σε 1.500 ή σε 3.000, σύμφωνα με κάποιους υπολογισμούς.

Το Ολοκαύτωμα του Αρκαδίου, όπως είχε συμβεί με την καταστροφή των Ψαρών και την Έξοδο του Μεσολογγίου, συγκίνησε όλο τον χριστιανικό κόσμο κι ένα νέο κύμα φιλελληνισμού δημιουργήθηκε στην Ευρώπη. Σπουδαίες προσωπικότητες της εποχής, όπως ο Τζουζέπε Γκαριμπάλντι και ο Βίκτωρ Ουγκώ, πήραν θέση υπέρ του Κρητικού Αγώνα και ξένοι εθελοντές έσπευσαν να ενισχύσουν από κοντά την Επανάσταση. Σημαντικές ήταν και οι χρηματικές συνεισφορές από τη Ρωσία και τις ΗΠΑ, με προεξάρχοντα τον φιλέλληνα Σαμουήλ Χάου.

Η Κρητική Επανάσταση φυλλορρόησε τον Ιανουάριο του 1869, αλλά ο Σουλτάνος δεν μπόρεσε να καθυποτάξει ολοκληρωτικά τους Χριστιανούς της Κρήτης. Έτσι, υπό την πίεση των Μεγάλων Δυνάμεων αναγκάστηκε να παραχωρήσει τον «Οργανικό Νόμο» (3 Φεβρουαρίου 1868), ένα είδος Συντάγματος, που προέβλεπε προνόμια για τους χριστιανούς και καθεστώς ημιαυτονομίας για το νησί. Η Ένωση της Κρήτης με την Ελλάδα πήρε αναβολή για το 1912.